新冠病毒变异株:“超级变体德尔塔克戎”和奥密克戎 我们知道些什么(组图)
新冠病毒变体奥密克戎( Omicron )及其亚型株 BA.1、BA.2 抓住全球注意力时,欧洲、美国和南美传出发现“超级变体德尔塔克戎” ( Deltacron)的消息,据称它是奥密克戎和之前的主导变体德尔塔(Delta)结合而成。
世界卫生组织(WHO)3月9日宣布,把这个新变异株命名为 AY.4/BA.1,但到目前为止没有把它列入“需关切变异株”(VOC),即不认为它可能对公共健康产生重大影响。
目前对这种变异株的关键特性仍不清楚,包括传染性、毒性和是否具有抗药性。
关于这种混合变异株,我们已经知道些什么?
德尔塔克戎的源头和传播
现在已经确认,德尔塔克戎感染确诊病例最早是 2022年1月 出现在法国。
根据流行病公共数据库GISAID搜集的信息,此后比利时、德国、荷兰、丹麦、英国、美国和巴西等地陆续发现这种变异株感染。
但向GISAID 提交的病例极少,截止3月15日仅 47 例,其中36 例来自法国。
尽管信息有限难下定论,但德尔塔克戎病例自从1月到3月间没有指数级快速增加,也可以被视作它并不比德尔塔和奥密克戎变异株传染性更高的初步证据。
不同变异株怎么结合?
Deltacron 出现正值两种新冠病毒变体主导全球疫情之际 —— 德尔塔和奥密克戎,两者都极易传播,因此有可能在公共场合同时感染两种病原体。
进入人体后,两种变异株可以同时感染同一个细胞,使得病毒携带两种遗传特征,比如科学家观察到 Deltacron 有奥密克戎的刺突和德尔塔的“本体”。
由于病例极少,目前无法判断所谓的“超级变体”是否更易传播、重症和死亡率是否更高、对免疫力的逃逸性是否更强。
疫苗是否仍旧有效?
病毒持续变异,一代代亚型株相继问世,目前版本的疫苗是否仍旧有效?
很少有疫苗可以完全阻止感染,而不同疫苗的效力也不同。
在预防严重疾病方面,有证据表明奥密克戎毒株即使发生了如此重大突变,现有疫苗仍在很大程度上发挥免疫保护作用,但具体程度仍不清楚。世界各地公布的数据显示, 接种疫苗加强剂对奥米克戎免疫效果比接种两针明显提高。
伦敦帝国理工学院2021年12月公布的研究结果显示,奥密克戎变异株在很大程度上能够逃避过去感染或两剂疫苗接种产生的免疫力,再次感染奥密克戎的风险是德尔塔的5.4倍。这种程度的免疫逃避意味着过去感染对奥密克戎再感染提供的保护可能只有 19%。
研究发现,与德尔塔相比,第二剂疫苗接种后两周或更长时间、加强剂接种后两周或更长时间(阿斯利康和辉瑞疫苗),出现奥密克戎感染症状的风险明显增大。
已有数据表明目前普遍接种的几款疫苗针对其他主要变异毒株减少重症、死亡风险仍然非常有效;主要变异株包括 Delta、Alpha、Beta 和 Gamma。
牛津大学罗莎琳德富兰克林研究所所长詹姆斯·奈史密斯教授(James Naismith)接受BBC广播4台采访时表示,这种变异株“几乎肯定”会降低疫苗效果,似乎比其他变体传播得更快,但疫苗在某种程度上仍然有效,而治疗 Covid-19 的新药可能不会受影响。
BBC健康与科技新闻记者詹姆斯·加拉格尔(James Gallagher)援引专家称,目前用来治疗新冠肺炎的抗病毒药 Paxlovid 和 molnupiravir 都是直击病毒内部,还没有迹象表明它们的有效性会受到已知突变的影响。
针对奥密克戎变异株的疫苗已经开始研发。
奥密克戎 —— 当前各种变体之母
奥密克戎变异株最初于11月11日在南非邻国博茨瓦纳首次发现,3天后,14日,南非记录了全球首个B.1.1.529感染病例。
11月25日,南非国立传染病研究所宣布确认这一最新变异毒株,称这种变异株具有高感染力和疫苗难以起作用的免疫逃避风险。
WHO 11月26日将Omicron (奥密克戎)列入“值得关切”变异毒株。据南非流行病应对和创新中心主任图利奥·德奥利维拉(Tulio de Oliveira)教授在11月一次吹风会上介绍说,总共有 50 种突变,刺突蛋白有 30 多种突变。刺突蛋白是病毒借以侵入人体细胞大门的钥匙,也是大部分疫苗针对的标靶。
奥密克戎被认为是迄今为止突变最多、程度最深的变异毒株,与原始新冠病毒和之前流行的主要变异株差别非常大。
在受体结合域,即病毒与人体细胞首次接触的部分,发现 10 个突变。作为对照,目前席卷世界的 Delta 变异株只有2个突变。
奥密克戎可引起感冒级别的症状,如喉咙痛、流鼻涕和头痛,但这并不意味着它对每个人都是温和的,有些人仍然会患重病。
病毒一生中会不断复制自己,期间经常会发生突变,由此产生变异毒株;复制越多,感染人数越多,发生突变的几率和出现变异的数量越大。
一般认为病毒变异过程中会变得更温和,通常年轻人感染新冠后症状较温和,但并不是那么绝对。
世卫组织专家迈克·莱恩(Mike Ryan)表示,初步数据表明奥密克戎感染引发的症状并不比德尔塔和其他变异株的更严重,严重程度应该是向“逐渐减弱的方向”发展。
不过,奥密克戎具有部分免疫逃逸能力,这意味着,与德尔塔病毒时相比,可能会有更多老年人被感染。
南非资深医疗专家曾指出,两剂疫苗接种和曾经感染新冠产生的免疫保护对奥密克戎变异株的效果较差,但至少目前来看仍可以提供避免重症的保护。接种加强剂对奥密克戎的免疫效力如何,仍需跟踪观查,积累数据。
另一个需要注意的因素是南非住院患者大部分年龄在40岁以下,患重症风险较低。南非60岁以上人口接种疫苗的比例高于全国平均,重症住院比例也可能因此较低。这个因素对人口老龄化程度较高的国家更需重视。南非人口平均年龄27.6 岁,而英国为 40.4 岁。
病毒如何变异?
每一次新冠病毒感染人体,都是SARS-CoV-2病毒不断复制自己的结果,每次复制就要复制自己的基因组,在复制的过程中可能会出现微小的错误,因此新的基因组可能和之前的稍有不同。
简单说,这些小错误就是突变,又称异变,由此产生病毒的变异毒株;突变会持续不断发生,变异毒株也就越来越多。
大部分突变对病毒的行为没有影响,但偶然情况下,突变也会造成病毒的行为产生变化。
目前发现的主要有两种突变,都出现在新冠病毒的突刺蛋白上;突刺蛋白是病毒用来解锁进入人体细胞的重要组成部分。
N501变异毒株改变了新冠病毒突刺最重要的“结合受体”,这是病毒突刺首先接触人体细胞的地方,任何让病毒更容易进入细胞内的变异就会让它更具优势。
另一种突变是H69/V70缺失。剑桥大学 Ravi Gupta 教授的研究表明,这种突变在实验室实验中使传染性提高了两倍,同时使幸存者血液中的抗体攻击病毒的效率减弱。
变异株行为有什么不同?
病毒在适应过程中有多种技巧来让自己更容易传播。例如:
更有效地侵入人体细胞;
更深地潜入人体细胞内的预警机制;
在空中存活更长时间;
增加患者呼吸、咳嗽释放的病毒含量;
病毒变异会涉及演化意义上的进退取舍 —— 一方面的进步可能是以另一方面的退步为代价。比如,病毒在与疫苗抗衡的过程中可能会牺牲部分传播能力。
自新冠疫情初起以来,病毒已经发生了成千上万次大大小小的突变
病毒变异将演变到什么程度,目前很难预测,因为不光是变异毒株的数量,还涉及传染性、危害力、免疫的有效时间长短等各种因素。
遏制新冠病毒变异毒株层出不穷的最有效办法,就是减少全球新冠病毒感染病例,因为每次新的感染就是病毒发生变异改变行为的机会。
还有哪些主要变异株?
根据世卫组织定义,“需关注”变异毒株( VOI )有以下特征:出现在多个国家/地区,突变对病毒的传染性和严重程度有已经确证或疑似的显著影响。
"需关切"变异毒株 ( VOC )—— 病毒传染性增大、出现流行病学意义上的有害变化、毒性增加、疾病症状或体现发生变化、有证据显示测试、治疗和预防措施(如疫苗接种)的有效性下降。
除了南非最新发现的变异毒株,目前已知四种变异毒株最令人关注:
Delta 变异毒株 (B.1.617.2),最早在印度发现,
Alpha 变异毒株( B.1.1.7),最早在英国肯特郡发现,已传播到 50 多个国家/地区,有可能还在变异
Beta 变异毒株(B.1.351),最早在南非发现,已扩散到至少 20 个其他国家/地区
Gamma 变异毒株 (P.1),最早在巴西发现,已扩散到其他 10 多个国家/地区
Alpha、Gamma 和 Beta 变异毒株都有一种被称为 N501Y 的突变,而这种突变似乎能强化病毒对细胞的感染力,也使病毒更容易传播。
Beta 和 Gamma 变异毒株还有一个关键的突变,称为 E484K,可能使病毒得以避开免疫系统的阻击。Delta 变异毒株可能更容易传播。
它们被世界卫生组织(WHO)列入需要重视的“值得关切”变异体清单,因为对公共卫生构成更大威胁,比如病毒传染性更强,从而导致病症更严重,或者对疫苗的抵抗力更强。
另外一些重要变异毒株被列为“值得关注”,因为发现它们在多个国家传播,或者引发了疾病簇群。
“超级变体 德尔塔克戎” 的真伪之争
在 WHO 确认最早出现在法国的新变异株是一种混和变体,AY2/BA.1,之前,塞浦路斯曾提交过类似病例的基因数据,但消息传出后引发争议,质疑方认为作为新变异株的 Deltacron 其实并不存在;研究表明,所谓超级变体的基因序列很可能是污染造成的。
Deltacron 这个词最初也源自塞浦路斯。2022年1月7日,尼科西亚的塞浦路斯大学病毒学家列昂迪欧斯·科斯特利吉斯(Leondios Kostrikis)公开宣布,他的团队发现并确定了兼具德尔塔(Delta)和奥密克戎(Omicron)两种元素的基因组。
他们当天晚上将25个基因序列上传到流行病公共数据库GISAID,后来又上传了27个序列,由此见诸媒体,成为国际新闻。
但许多科学家很快在社交媒体和传统媒体上公开表示,这些毒株基因序列并不足以构成新变异体,也不是毒株之间重组的结果。他们认为,很有可能是实验室污染造成的。
库帕利博士(Krutika Kuppalli)是美国南卡罗莱纳医科大学世界卫生组织(WHO)新冠专家团队成员。她的推特说,德尔塔+奥密克戎不构成超级新变异株。
自 2020 年 1 月以来,已经有七百多万条 SARS-CoV-2 基因组上传到 GISAID 数据库。
问题可能出在哪里?
被成为Deltacron的基因序列上传72小时后,科斯特利吉斯将它们移出数据库公开检索区域,以待进一步核证。
他解释说,自己最初的假设被曲解了,他并没有说过这些新序列就代表德尔塔和奥密克戎,是一些媒体措辞含糊,令人误以为是德尔塔-奥密克戎重组病毒株序列。
在一封给《自然》杂志的电子邮件中,科斯特利吉斯写道,“Deltacron”序列2021年12月从塞浦路斯的新冠病毒样本中产生,进一步察看时注意到刺突蛋白基因中有一个类似奥密克戎的遗传特征,这个遗传特征有助于病毒进入细胞。
基于这个发现,最初的假设是“一些 Delta 病毒颗粒在刺突基因(S基因)中独立突变,类似于奥密克戎中常见的突变”。
这个假设见诸媒体后被广泛质疑,许多从事基因测序和 COVID-19 研究的科学家认为有另一种可能性:实验室错误。
对任何基因组进行测序都依赖于引物(引子),就是一小段单链核糖核酸(RNA)或脱氧核糖核酸(DNA);这个引子与目标序列结合,成为测序的起点。
因为Delta 的刺突基因中发生了突变,降低了部分引物与其结合的能力,使得基因组这个区域的测序变得很困难。
如果是因为污染导致奥密克戎颗粒混入样本,它可能会使测序的刺突基因看起来与奥密克戎中的相似。
还有一种可能性是措辞不当——即使新的序列不是因污染导致,塞浦路斯实验室发现的突变在其他变体中也有发现,并非奥密克戎独有。
GISAID数据库中的基因序列中有不少也携带其他序列元素,只不过没有引起广泛注意。